《合金弹头系列》故事背景

另一方面，叛乱军元帅DONALD.MORDEN在MS3受到正规军搭救之後，完全展现其不死心的本能，企图再次与火星人曾经背叛过他的火星人(长得像水母的那种) 结盟，而火星人因为又让地球上的正规军打败(还是杀到总部)，元气大伤，也想回复他们以往的盛况，两方谈和後，这回他们的主要目标是派兵秘密救起已葬身海底的Rootmars(火星之根—MS3最终BOSS)，藉其强大的力量来支配全球。 正规军高层发现这些突如其来的内忧外患，自然不可能坐视不管。於是开始派兵调查，并试著与佣兵集团结盟。可惜的是，重振势力的判乱军有了火影人的科技已经非同小可，正规军於是大败，遭到叛军俘虏。 但帮助判乱军的火星人却因为新来的外星人而受到前所未有的胁迫。这些来自不明星球的外星人先下手为强，他们没先打算攻击人类，目标以先攻下火星人这个来抢生意的种族为目标，他们掳走了几个火星人。