合金装备5原爆点背景故事

危机过去之后，Snake利用他最近的动员继续无限对母基地进行扩张。

Snake意识到AI用行动拯救了世界，但那并没有改变基于The Boss思想的系统最终选择放下武器的事实。他自己也是一个武器，他感到AI的行动是对他的生活的拒绝。

坚定信念，Snake和Miller邀请Huey博士和Strangelove博士来母基地开发Metal Gear ZEKE,一个最终装备了核弹头的双足兵器。这突然使他们的小队成为了一股核力量。

同时，母基地接纳了在危机之后失去了克格勃赞助人的孤儿Paz。然而，这些都是由一个名为Cipher的情报机构所策划的。

在Cipher的命令下，Paz接近了Amand、Chico和其他人，同时也对母基地越来越了解，暗中谋划着劫持ZEKE。她的目的是以这个武器作为筹码，强迫Snake成为Cipher的军事力量。

当Snake击败ZEKE后，Paz的企图失败了，她被扔进了加勒比的汪洋大海之中。Snake到那时才意识到Chico已经爱上了她。